Tout est calme au quartier général des Trois Mousquetaires. Bien trop calme, en fait, au goût des jeunes détectives, 

qui s'ennuient ferme. Mais quand oncle Géo appelle de Petit-Rocher pour leur annoncer que le légendaire bateau fantôme est de retour dans la baie des Chaleurs, c’est le branle-bas de combat.

Sans l’aide du professeur Jarnigoine, qui est parti sans laisser d’adresse, les amis se lancent dans une aventure qui se complique à chaque tournant.

Comment expliquer que des habitants de Petit-Rocher ont commencé à entendre des voix ? Qui est ce mystérieux pirate dont tout le monde parle, mais que très peu ont pu observer en chair et en os ? Quel secret se cache derrière les portes de Chalumott, une usine ultramoderne qui est censée produire de l’énergie propre, mais qui est gardée comme un palais royal ? Pourquoi son énigmatique propriétaire reste en permanence sur son luxueux yacht ? Et enfin, pourquoi deux sinistres individus surveillent-ils sans cesse les allées et venues des Trois Mousquetaires?

Les  jeunes détectives devront faire preuve d’imagination et jouer d’audace comme jamais avant pour percer le mystère du bateau fantôme de Petit-Rocher.